A hagyományos 3D mérőrendszerek, mint például az érintéses profilok és az interferométerek, károsíthatják a mérendő anyagot, vagy nem tudnak adatokat szolgáltatni bizonyos anyagokon és felületeken. A pásztázó elektronmikroszkóphoz képest nem kell előkészíteni a mintákat. Ezek az eszközök költségesek is lehetnek, időigényes a működtetésük és nehezen használhatóak.